Durant l’edat mitjana comencen a aparèixer les institucions que s’aniran desenvolupant fins a esdevenir les universitats que coneixem avui dia. En aquells moments inicials el panorama dels estudis superiors es concretava en un conjunt de centres diferents que havien anat sorgint en diversos llocs de Catalunya. Universitat, però, no era el nom corrent per denominar aquestes entitats, sinó que es coneixien com a estudis (studium). L’studium podia ser general o particular. Els centres que tenien la categoria de “general” eren els fundats pel papa, l’emperador o el rei, els quals podien atorgar graus de validesa universal, i havien de tenir, a més d’una facultat d’arts, una altra de superior (teologia, dret o medicina). Els centres “particulars”, en canvi, a més de dependre d’un municipi, catedral o orde religiós, no disposaven dels requisits indicats anteriorment. El terme studium generale anirà sent substituït de forma gradual pel d’universitat.
La universitat, com a corporació de mestres i estudiants, amb els seus estatuts, aparell administratiu i graus acadèmics, és una creació específica de la cultura medieval. Els primers precedents d’aquests estudis generals sorgeixen al segle XI a Bolonya i a París, i en el territori de l’actual Catalunya el primer antecedent és l’Estudi General de Lleida, fundat per Jaume II l’any 1300 amb l’autorització papal de Bonifaci VIII. Aquest Estudi, dominat pels poders locals (civil i eclesiàstic), integrava els graus de Dret Canònic i Dret Civil, Filosofia i Arts, Medicina i, posteriorment, el 1430, Teologia. Després de l’Estudi General de Lleida, es van crear altres centres també per iniciativa reial: l’Estudi General de Perpinyà (1349), l’Estudi General d’Osca (1354), l’Estudi General de Girona (establert per Alfons el Magnànim el 1446, però posat en marxa cent anys més tard), així com altres escoles, de poca rellevància, a Vic, Solsona i Tortosa.
En el cas de Barcelona, la ciutat disposava des del final del segle XIII de les escoles majors, patrocinades pel poder municipal, les escoles de la catedral i el convent dominic de Santa Caterina, que va esdevenir un centre de cultura important. Aquests ensenyaments de grau superior (Gramàtica, Dret Civil, Dret Canònic i Lògica) s’adreçaven a les elits urbanes. A més d’aquestes escoles civils i eclesiàstiques, els fills de les famílies benestants anaven a estudiar a centres universitaris de renom, com ara els de Bolonya, Montpeller, Tolosa i París.
Els poders locals no desitjaven la creació d’uns estudis generals com en altres localitats i justificaven aquesta oposició argumentant que el municipi patiria tota una sèrie d’aldarulls, fruit de la vida universitària, i que els estudis representarien un veritable perill per a la seguretat ciutadana. La vertadera raó era que uns estudis generals creats per iniciativa reial significarien la pèrdua del control dels ensenyaments que fins aleshores s’impartien a la ciutat, controlats essencialment pel mateix municipi o la catedral.
Malgrat l’oposició dels consellers barcelonins, el rei Martí l’Humà va establir l’any 1401 un Estudi General de Medicina amb les mateixes prerrogatives que el de Montpeller, en un local del portal de Santa Eulàlia a la zona de la Boqueria, i va intentar potenciar-lo integrant-hi metges prestigiosos com Pere Descoll. A aquest Estudi General de Medicina es va afegir l’any 1402 una Facultat d’Arts. A partir d’aquest moment els estudis universitaris de Barcelona van rebre el nom d’Estudi General de Medicina i Arts.
La fundació d’una universitat a Barcelona va haver d’esperar fins al 1450, quan un privilegi atorgat pel rei Alfons V el Magnànim i la butlla papal de Nicolau V van establir l’Estudi General de Barcelona, que unificava tots els centres d’ensenyament superior anteriors. En aquest Estudi General, i seguint el model de Tolosa, s’estableixen càtedres de Teologia, Dret Canònic, Dret Civil, Filosofia Moral i Natural, les Set Arts, Medicina i altres disciplines. La posada en marxa efectiva de la Universitat, però, va patir diferents vicissituds, sobretot durant la Guerra Civil catalana (1462-1472), en què la institució es va debilitar, fins a l’any 1488, en què es fusionen les escoles majors i l’Estudi General de Medicina, gràcies al nou impuls donat pel rei Ferran II d’Aragó.