En la Edad Media empiezan a nacer las instituciones que irán desarrollándose hasta convertirse en las universidades que hoy conocemos. En aquellos primeros tiempos, el panorama de los estudios superiores se concretaba en un conjunto de centros que habían ido surgiendo en diferentes puntos de Cataluña.
Sin embargo, universidad no era la palabra más habitual para denominar a estas entidades, sino que se las conocía como estudios (studium), que podían ser generales o particulares. Los centros que tenían la categoría general eran los fundados por el papa, el emperador o el rey, podían otorgar grados de validez universal y debían tener, además de una facultad de Artes, otra superior (Teología, Derecho o Medicina). Los centros particulares, en cambio, además de depender de un municipio, catedral u orden religiosa, no debían cumplir con los requisitos indicados anteriormente. El término studium generale se fue sustituyendo de forma gradual por el de universidad.
La universidad, como corporación de maestros y estudiantes, con sus estatutos, aparato administrativo y grados académicos, es una creación específica de la cultura medieval. Los primeros precedentes de estos estudios generales se remontan al siglo XI, en Bolonia y París; y en el territorio de la actual Cataluña, el primer antecedente es el Estudio General de Lérida, fundado por Jaime II en el año 1300, con la autorización papal de Bonifacio VIII. Este Estudio, dominado por los poderes locales (civiles y eclesiásticos), integraba los grados de Derecho Canónico y Derecho Civil, Filosofía y Artes, Medicina y, posteriormente, en 1430, Teología.
Después del Estudio General de Lérida, se fundaron otros centros también por iniciativa real: el Estudio General de Perpiñán (1349), el Estudio General de Huesca (1354), el Estudio General de Gerona (creado por Alfonso el Magnánimo en 1446, pero puesto en marcha cien años más tarde), así como otras escuelas, de menor relevancia, en Vic, Solsona y Tortosa.
En el caso de Barcelona, la ciudad disponía desde el final del siglo XIII de las escuelas mayores, patrocinadas por el poder municipal; las escuelas de la catedral y el convento dominico de Santa Catalina, que se convirtió en un importante núcleo cultural. Estos estudios de grado superior (Gramática, Derecho Civil, Derecho Canónico y Lógica) se dirigían a las élites urbanas. Además de estas escuelas civiles y eclesiásticas, los hijos de las familias acomodadas estudiaban en centros universitarios de renombre, como Bolonia, Montpellier, Toulouse y París.
Los poderes locales no eran partidarios de crear unos estudios generales en Barcelona, como estaba sucediendo en otras localidades. Justificaban su oposición argumentando que el municipio sufriría disturbios a raíz de la vida universitaria y que los estudios representarían un verdadero peligro para la seguridad ciudadana. La verdadera razón, en cambio, era que unos estudios generales creados a iniciativa real significaban la pérdida del control de los estudios que hasta entonces se impartían en la ciudad, controlados esencialmente por el municipio o la catedral.
No obstante, a pesar de la oposición de los consejeros barceloneses, el rey Martín I el Humano estableció en 1401 un Estudio General de Medicina con las mismas prerrogativas que el de Montpellier, en un local del portal de Santa Eulalia, en la zona de la Boquería, e intentó potenciarlo con prestigiosos médicos, como Pere Descoll. A este Estudio General de Medicina, se le sumó en 1402 una Facultad de Artes, por lo que a partir de este momento, los estudios universitarios de Barcelona se conocieron como Estudio General de Medicina y Artes.
La fundación de una universidad más multidisciplinar en Barcelona no se produjo hasta 1450, cuando un privilegio otorgado por el rey Alfonso V el Magnánimo y la bula papal de Nicolás V crearon el Estudio General de Barcelona, que unificaba todos los centros de enseñanza superior anteriores. En este Estudio General, y siguiendo el modelo de Toulouse, se establecieron cátedras de Teología, Derecho Canónico, Derecho Civil, Filosofía Moral y Natural, Medicina, las siete artes y otras disciplinas.
La puesta en marcha efectiva de la universidad, sin embargo, tuvo que superar diferentes vicisitudes, sobre todo durante la Guerra Civil catalana (1462-1472), en que la institución se debilitó. La situación cambió en 1488, cuando se fusionaron las escuelas mayores con el Estudio General de Medicina, gracias al impulso dado por el rey Fernando II de Aragón.