L’any 1508 es dictaren les primeres Ordinacions municipals que havien de regir la nova institució, és a dir, l’Estudi General de Barcelona creat l’any 1450. Uns anys més tard, el 18 d’octubre de 1536 es va col·locar, gràcies a una col·lecta pública, la primera pedra del nou edifici dels estudis generals a la part alta de la Rambla, en el tram que es coneix avui com a rambla dels Estudis. La façana principal estava orientada al mar i desembocava en una plaça anomenada dels Bergants que, des d’aleshores, va dir-se plaça de l’Estudi. La part de darrere es recolzava en la paret de la muralla i els laterals corresponien a l’actual confluència dels carrers de la Canuda i de Santa Anna i al començament del carrer de Tallers. El director d’obres va ser Tomàs Barsa. Es tractava d’una construcció de dues plantes que incloïa una capella. A l’exterior, a la façana principal, hi havia l’escut de Carles I, l’única peça conservada d’aquell conjunt i que avui s’exhibeix a la galeria del Paranimf de l’actual edifici de plaça Universitat.
Posteriorment, un cop perduts els usos universitaris, aquest edifici de la Rambla acabaria sent un quarter militar (el Quarter dels Estudis), fins que l’any 1843 fou enderrocat per tal d’aixecar la porta d’Isabel II, la qual es va mantenir fins al 1873.
En aquest nou edifici de la Rambla l’activitat acadèmica es va dur a terme amb normalitat malgrat les dificultats econòmiques i les pugnes entre el professorat. Alguns docents, però, es van distingir especialment en les seves respectives disciplines, com ara Cosme Damià Hortolà, nomenat rector el 1643, que va destacar en grec, hebreu i teologia, i que va assistir al Concili de Trento.
El centre no va esdevenir «Estudi General de totes les facultats» fins a l’any 1559, en què va aconseguir la plena activitat docent. A partir d’aquests moments els estudis generals viuran un període difícil i de decadència (censura de publicacions, prohibició de contactes amb l’estranger, recursos insuficients), agreujat per un escenari de conflictivitat i violència estudiantils que va anar bastint la idea de la conveniència de traslladar les institucions universitàries fora dels nuclis urbans. En aquest escenari hem d’explicar part dels motius de la fundació de la Universitat de Cervera.
La fundació de la Universitat de Cervera sorgí d’un petit nucli proper al rei Felip V en el context que havia dibuixat el final de la Guerra de Successió, i va suposar l’any 1714 el trasllat a Cervera dels estudis de Filosofia, Cànons i Lleis (van romandre a Barcelona els de Medicina i els de Gramàtica, que impartien els jesuïtes). Tres anys més tard, el 1717, es va crear, per ordre reial, la Universitat única a Cervera, que unificava els estudis procedents de Barcelona amb els que hi havia en altres poblacions catalanes (Lleida, Girona, Tarragona, Vic i Tortosa).
Tot i que no totes les institucions vinculades amb la corona hi estaven d’acord, altres grups hi van veure una oportunitat. Així, els jesuïtes van veure en aquesta iniciativa una manera de penetrar en l’ensenyament superior, del qual havien estat aïllats fins al moment, i, de fet, la influència jesuïta es va notar en els continguts impartits fins a l’expulsió de l’orde del país (1767). Per a alguns historiadors, l’expulsió dels jesuïtes, considerats com els grans mestres de Cervera, va contribuir a la situació de decadència que s’inicia en aquells moments. Per a altres historiadors, en canvi, la data de 1767, amb la desaparició dels jesuïtes, és la que marca l’obertura de les tendències més renovadores de Cervera. Després d’aquesta data es va intentar introduir alguna reforma, però el context general era molt desfavorable: als recursos econòmics insuficients, s’hi afegia la lluita entre els privilegis eclesiàstics i la corona, les diferències ideològiques entre grups, així com l’interès creixent de recuperar la universitat per part de Barcelona, on ja s’havien fundat centres d’ensenyament que tindrien gran transcendència per a la ciutat.
Aquests centres, d’origen militar, eren, d’una banda, l’Acadèmia Reial i Militar de Matemàtiques de Barcelona (1720-1803), pionera a Europa, i, d’una altra, el Col·legi de Cirurgia de Barcelona (1760-1843), amb un nivell molt superior als estudis de Medicina que s’impartien a Cervera. El Col·legi de Cirurgia és l’origen directe de la Facultat de Medicina de la Universitat de Barcelona l’any 1843.
De gran rellevància per a la ciutat fou la Junta de Comerç, que va funcionar des del 1758 fins al 1847. Lligada a la burgesia comercial i a la manufactura d’indianes, la Junta va crear càtedres que impartien ensenyaments vinculats amb el comerç, la indústria, l’agricultura, l’economia, l’art, la nàutica, etc., la qualitat dels quals superava molt el nivell dels estudis universitaris de Cervera.