A partir de l’1 de juliol de 1933 es fa càrrec de l’edifici el Patronat de la Universitat Autònoma. Atès l’estat d’abandó en què es troba, una de les primeres disposicions del Patronat és la seva restauració i adaptació, encàrrec que recau en els arquitectes Josep González i Francesc Perales, durant els rectorats de Jaume Serra Hunter i Pere Bosch Gimpera. D’aquesta època és la col·locació d’estanys amb nenúfars o els parterres de gespa amb xiprers dels patis. S’elimina la reixa del jardí, el qual es condiciona amb un nou plantejament per a ús d’estudiants i professors. Igualment, es condicionen moltes instal·lacions noves per a la docència (aules, laboratoris i seminaris).
D’aquesta època també és la utilització (1934) dels soterranis per a diferents usos, com per exemple un bar, que representa una gran novetat del moment, així com sanitaris i vestidors. Una de les grans transformacions té lloc l’any 1936: se substitueixen les portes del vestíbul, fins al moment massisses, de fusta, amb claus de bronze, per unes altres de vidre que, tot i que conserven els marcs amb claus metàl·lics, estan muntades sobre una estructura de bronze de tipus racionalista. D’altra banda, entre el 1932 i el 1937 es duen a terme importants obres de reforma a la Biblioteca, concretament a la sala de lectura, la qual és objecte d’una transformació important de la mà dels racionalistes del GATCPAC Josep González Esplugues i Francesc Perales.
Finalitzada la Guerra Civil, durant el període 1939-1945, es fan obres de reparació i rehabilitació dels espais danyats pels bombardejos. De fet, el règim fa molta propaganda d’aquestes obres de reconstrucció amb la finalitat de destacar la preocupació de les autoritats per reobrir i reactivar el centre universitari. Durant els anys quaranta es fan altres reformes d’interès; així, per exemple, la substitució d’uns laboratoris de la planta baixa per la Capella, o una important reforma a l’Aula Magna a càrrec de l’arquitecte Josep Domènech Mansana.
Altres reformes i adequacions de l’edifici tenen lloc el 1967 i, sobretot, el 1970, durant el rectorat de Fabià Estapé, a qui es deu la iniciativa, que va fer efectiva el Govern, de declarar l’Edifici Històric “Monument Historicoartístic Nacional” l’any 1970.