Los territorios de las parejas adultas o las áreas de dispersión pueden sufrir alteraciones derivadas de la actividad humana, que dificultan o acaban imposibilitando la presencia de las águilas.

Si estos cambios son puntuales y de carácter reversible, originan únicamente el fracaso de la reproducción en una temporada de cría, pero si son graves y de carácter irreversible, pueden afectar a la supervivencia de las parejas, induciendo así al abandono definitivo de los territorios.

Estas alteraciones son consecuencia de una planificación territorial insostenible: la implantación de grandes infraestructuras (carreteras, canteras, centrales eólicas, etc.), la sustitución de suelo agrícola por suelo industrial o residencial, la desaparición de los usos tradicionales agrícolas, ganaderos y forestales, y una planificación cinegética inadecuada han reducido la presencia de hábitats favorables de nidificación y de caza y la abundancia de las principales presas de las águilas.

Los cambios en los hábitats y en los territorios implican a menudo que otras especies competidoras del águila-azor perdicera, pero más tolerantes a estas alteraciones, puedan ocupar sus territorios y competir con ella, conviertiéndose en una factor más de presión.