Según los hallazgos de Laura Miotti en el yacimiento de Piedra Museo, el poblamiento humano de lo que es hoy Argentina se remonta a hace unos 13.000 años. A partir de aquí, se fueron conformando tres regiones bien diferenciadas: en el cuadrante noroeste andino se establecieron culturas agroalfareras emparentadas con la Civilización andina, que se llegó a integrar en el Imperio Inca; en el cuadrante noreste se establecieron culturas agroalfareras emparentadas con la familia tupí-guaraní; y en la parte centro-meridional de la Pampa y la Patagonia se establecieron culturas nómadas.

Durante la conquista europea las culturas indígenas corrieron suerte diversa. Por un lado, las culturas pampeanas y patagónicas así como las que habitaban el Gran Chaco, resistieron la conquista española y nunca estuvieron bajo dominación colonial. Fue en el cuadrante noroeste donde los colonos españoles establecieron los principales centros de población y producción. En el cuadrante noreste por su parte, se caracterizó por el establecimiento de las "Misiones Jesuíticas", que conformaron una sociedad indígena-cristiana, alejada de la Corona Hispánica.  

Una vez constituida como nación independiente, las "Provincias Unidas de Sudamérica" primero y la "República de Argentina" después, iniciaron un proceso de conquista de los territorios ocupados por pueblos originarios que no habían sido dominados por el Imperio Español, especialmente la Pampa, la Patagonia y el Gran Chaco. La "Conquista del Desierto" en 1880 supone el punto álgido de esta campaña, en la que fueron derrotadas las naciones mapuche, het y ranquel, con lo que Argentina triplicó su territorio.

En las últimas décadas la población indígena participó de múltiples migraciones ligadas al proceso de urbanización. Por ello, las mayores densidades de población aborigen se pueden encontrar en los grandes aglomerados urbanos de Buenos Aires, Rosario y Córdoba.

Los Indígenas Ayer:

La Conquista del Desierto y las campañas previas

Los Indígenas Hoy:

La Encuesta Complementaria de Pueblos Indígenas

Los Resultados (pueblo indígena/población)

La Conquista del Desierto marca un antes y un después en la relación de Argentina con los pueblos indígenas, sin embargo, previamente, ya en el siglo XVII, a esta acción ya hubo otras campañas militares que la precedieron lanzadas desde los distintos gobiernos de las Provincias Unidas del Río de la Plata, la Confederación Argentina, el Estado de Buenos Aires y otras provincias pampeanas y cuyanas.  Se sucedieron campañas militares y acuerdos de paz con los distintos pueblos que poblaban la región pampeana y el norte de la Patagonia oriental con el objetivo de contener sus ataques o de avanzar sobre sus territorios para incorporarlos. Desde finales del siglo XVIII los españoles comenzaron a avanzar hacia el sur, y el río Salado se convirtió en el límite entre civilizaciones.

Los primeros combates fueron entre españoles y mapuches en zonas cercanas a Buenos Aires y Córdoba.

Pero la campaña más abusiva y destructiva se inició en 1879 y es la conocida como "Conquista del Desierto", campaña militar llevada a cabo por el gobierno de la República Argentina contra los pueblos mapuche, tehuelche y ranquel, principalmente, con el objetivo de obtener el dominio territorial de la Pampa y la Patagonia oriental, hasta entonces bajo control indígena. La campaña acabó con la muerte de un número indeterminado de indígenas (algunas fuentes hablan de más de 1.000) y con el desplazamiento de las tribus a las zonas más periféricas y estériles de la Patagonia. Muchos nativos fueron tomados prisioneros y otro enviados a las grandes ciudades, donde eran separados con fin de evitar que procrearan.

Esta operación militar suele justificarse bajo el pretexto de que esos territorios iban a ser conquistados por Chile, ya que ese área estaba parcialmente en disputa entre ambos países hasta la firma del Tratado Argentina-Chile de 1881.

Argentina cuenta con un reconocimiento de los "pueblos originarios" que viven dentro de los límites del país. Hasta la elaboración de la ECPI, no se sabía cuántos pueblos había en el territorio argentino, de manera que mientras la Constitución reconocía 21 pueblos indígenas, los organismos censales señalan 22, el Instituto Nacional de Asuntos Indígenas (INAI) hablaba de 24 y otros organismos no gubernamentales de 27. Aún con esta disparidad de cifras, es importante que, al menos, los indígenas se reconozcan como tales y se encuentren integrados en las leyes del país, contando con normas constitucionales que avalan su espacio y su territorio.

La Encuesta Complementaria de Pueblos Indígenas 2004–2005 (ECPI) es un estudio realizado por el Instituto Nacional de Estadísticas y Censos (INDEC). En 2004 y 2005 el INDEC relevó la ECPI con el objetivo de cuantificar y caracterizar la población que se reconoce perteneciente y/o descendiente de pueblos indígenas. Se tomó como marco aquellos hogares en los que el Censo Nacional de Población, Hogares y Viviendas 2001 registró al menos una persona perteneciente y/o descendiente de pueblos indígenas (fue precisamente en este censo del 2001 cuando se incluyó por primera vez una pregunta relacionada con la adscripción de las personas a algún pueblo indígena). Para identificar la población en la ECPI se respetó la declaración de las personas entrevistadas y se combinaron dos criterios: la autoidentificación o autorreconocimiento de la pertenencia a un pueblo indígena y la ascendencia indígena en primera generación.
Los datos definitivos de la ECPI destacan la existencia de 35 pueblos indígenas integrados por 600.329 individuos (457.363 que se autorreconocen pertenecientes a algún pueblo aborigen, más 142.966 que no pertenecen pero son descendiente en primera generación de un pueblo), el equivalente al 1,6% de la población total.