És la més àmpliament utilitzada. Es basa en la rotació d’un camp magnètic extern que indueix a girar un iman que resta en la solució de reacció. El camp magnètic és variable a voluntat de l'operador, el que dóna la possibilitat de tenir diferent velocitat de gir en la solució del matràs de reacció. Per a tal fi es disposa dins del matràs una vareta imantada (nucli magnètic) recoberta de tefló, polipropilè o vidre Pyrex. Generalment s’utilitza la versió de recobriment de tefló, material inert que evita la contaminació de la mescla de reacció. Aquestes varetes, anomenades nuclis magnètics, tenen diferents mides i formes a fi i efecte d’adaptar-se a totes les necessitats d’agitació: mida del matràs, tipus de matràs de fons rodó o pla, diferents viscositats de les solucions... Aquest tipus d’agitació és adequat per a reaccions a petita i mitjana escala. Perd la seva efectivitat en volums grans, generalment superiors a 1 litre o en mescles molt viscoses.

Fig 3.1 Varillas                                                                 Fig. 3.2 Agitador