Independientemente del tipo de centrifugación que se vaya a utilizar, el elemento básico necesario es la centrífuga. Una centrífuga consta de un motor, un rotor adaptado especialmente para poner tubos de muestra y un compartimento donde está alojado el motor para aislarlo del exterior. Cuando la velocidad de giro es muy elevada, este compartimento es totalmente estanco y se refrigera para poder trabajar al vacío y evitar el calentamiento del rotor. Por otro lado, este recinto suele estar blindado para evitar accidentes en caso de rotura del rotor