Correspon a aquesta línia la catalogació crítica de la flora a escales comarcal i regional, els estudis taxonòmics d’escala regional, i treballs sintètics d'anàlisi de la diversitat vegetal a diferents nivells. En l'àmbit d'aplicació, s'hi inclouen els treballs de diagnosi florística orientats a la conservació biològica i, en general, a la gestió del patrimoni vegetal.

Fruit de l'activitat en aquesta línia, els darrers anys han vist la culminació de la Flora dels Països Catalans, la publicació de la Flora manual dels Països Catalans, i l'aparició de diversos catàlegs florístics d'àmbit més local (de la serra de Cadí, del delta de l’Ebre...). També s'ha col·laborat en les obres col·lectives Flora iberica i ORCA, i s'han realitzat diferents estudis i publicacions relatius a espècies vegetals en situació de risc, com ara la Llista vermella de la flora d'Andorra.