Corresponde a esta línea la catalogación crítica de la flora a escalas comarcal y regional, los estudios taxonómicos de escala regional, i trabajos sintéticos de análisis de la diversidad vegetal a distintos niveles. En el ámbito aplicado, incluye los trabajos de diagnosis florística orientados a la conservación biológica y, en general, a la gestión del patrimonio vegetal.
Resultado de la actividad de esta línea, durante los últimos años se ha culminado la Flora dels Països Catalans, se ha publicado la Flora manual dels Països Catalans, y han aparecido distintos catálogos florísticos de ámbito más local (del Cadí, del delta del Ebro...). También se ha colaborado en las obras colectivas Flora iberica y ORCA, y se han realizado varios estudios y publicaciones relativos a especies vegetales en situación de riesgo, por ejemplo Lista roja de la flora de Andorra.
