Los manuales de R incluidos en todas las instalaciones son:

Diferentes versiones (HTML, PDF y EPUB) de estos y otros manuales se pueden hallar en https://cran.r-project.org/manuals.html

La instrucción RShowDoc() del paquete utils permite hallar y ver manuales de R y otra documentación en cada distribución particular.

Por ejemplo, los manuales de R son: R-admin, R-data, R-exts, R-intro, R-ints y R-lang, de forma que la instrucción

> RShowDoc("R-intro", type="pdf")

proporciona el manual An introduction to R en formato PDF.