Las actividades mineras conllevan uno de los mayores retos en los estudios ambientales. El tamaño y envergadura de esta actividad industrial conlleva la generación de grandes cantidades de residuos en forma de escombreras (botaderos) y balsas de lodos (traques de relave) los cuales pueden llegar a los centenares de millones de toneladas de material. El origen natural de la mineralización conlleva que a menudo, en entornos mineros sea controvertido dilucidar si determinados problemas de polución son de origen natural (por interacción natural agua –roca), o bien se trata de pérdidas de aguas contaminadas por contacto con los residuos mineros.
En MAiMA somos pioneros en aplicar técnicas geoquímicas e isotópicas para discernir el origen de los solutos en aguas en entornos mineros. El uso de la geoquímica isotópica de solutos (S, N, C, O, etc.) permite cuantificar los aportes de la minería i discriminarlos de los aportes por interacción natural agua-roca. Además de la geoquímica de compuestos inorgánicos, también usamos técnicas de geoquímica de compuestos orgánicos para trazar algunos compuestos orgánicos usados en el proceso mineralúrgico.