Research

Identificació, avaluació i explotació de funcions catabòliques microbianes del sòl per la recuperació d’emplaçaments contaminats amb hidrocarburs aromàtics policíclics (HAPs). Els HAPs son contaminants prioritaris degut a la seva toxicitat, ubiqüitat, i persistència ambiental. Encara que la bioremediació es sovint la tecnologia d’elecció per descontaminar emplaçaments contaminats amb HAPs, la limitada capacitat en predir les concentracions finals a que s’arribaran redueix la seva aplicabilitat. Per optimitzar els processos de descontaminació es fonamental identificar les rutes bioquímiques implicades i els factors biològics i ambientals que les condicionen. Els nostres objectius principals son caracteritzar les funcions microbianes que determinen el destí ambiental dels HAPs, associar-les a poblacions microbianes específiques, i determinar la possible formació i persistència de productes d’oxidació que poden representar un risc o frustrar l’èxit de les tecnologies de bioremediació. La identificació molecular dels actors microbians principals s’utilitza per dissenyar estratègies d’aïllament i cultiu, i poder estudiar-ne el seu potencial biotecnològic. 

Guadalupe Gómez Melis (Responsable)

 

The main goal of GRBIO is to promote joint research in Biostatistics and Bioinformatics, either in advanced applications and in the theoretical and computational development of new methodologies.

We aim to address complex interdisciplinary issues and to make relevant scientific contributions on health and biology areas where closer collaboration is needed to promote future development and welfare of the society. It is an attainable goal provided that most of our investigators work side by side with researchers in the “Bio” field, including medical doctors, biologists and virologists and are exposed to scientific problems which need new thoughts, new models and the integration of researchers from several fields.

The members of the team have diverse research backgrounds, which can be broadly grouped into three areas: Clinical Trials and Survival Analysis, Biostatistical Methods for integrative analysis of omics data and Development of statistical tools. We aim to respond to issues raised in Biosciences and Health in an integrative and comprehensive manner, trying to exploit the synergies between members coming from these diverse research and expertise areas.

El Grup de Virus Entèrics de la UB es dedica a l’estudi de virus humans que infecten el tracte digestiu i més concretament al virus de l’hepatitis A i a agents de gastroenteritis com astrovirus, norovirus i rotavirus. Es cobreixen aspectes moleculars bàsics, així com el seu paper com a contaminants d’aliments i de l’ambient. El Grup va ser el primer laboratori universitari a Espanya en rebre la certificació de Bones Pràctiques de Laboratori per estudis de seguretat vírica. 

El grup d’Ecologia Microbiana i Geomicrobiologia de la Universitat de Barcelona compta amb una dilatada experiència en el camp de l’ecologia microbiana tant en comunitats planctòniques lacustres como en comunitats bentòniques costaneres. El grup va ser creat per el Prof. Ricard Guerrero a l’assolir en 1988 una càtedra en el Departament de Microbiologia de la Facultat de Biologia de la Universitat de Barcelona, deixant el càrrec de Director del Departament de Genètica i Microbiologia de la Universitat Autònoma de Barcelona, que ocupava en aquell moment. En els seus inicis el grup es va centrar en l’estudi de les dinàmiques poblacionals dels bacteris fototròfics dels llacs del sistema càrstic de Banyoles i en la dinàmica de l’acumulació de biopolímers de reserva, com els poli-β-hidroxialcanoats, en los microorganismes i les seves aplicacions biotecnològiques. El grup va ser també pioner, juntament amb el grup d’Ecologia Microbiana de la UAB, en iniciar els estudis dels tapissos microbians del Delta de l’Ebre. Aquests estudis s’han continuat de forma ininterrompuda fins el moment actual, essent una de les línies de recerca principals del grup. Des de l’any 2013 del Dr. Jordi Urmeneta és l’investigador responsable del grup.

Desenvolupament d’eines i estratègies biotecnològiques per minimitzar l’impacte ambiental de la indústria. Els objectius principals de la recerca són el disseny d’enzims per tecnologies netes de producció (Tecnologies Sostenibles) i per la bioconversió i valorització de restes agroindustrials en productes de valor afegit. Aspectes importants són l’estudi de la biologia molecular d’enzims (xilanases, cel·lulases i lipases) que catalitzen la hidròlisi, síntesi i/o biotransformació de polímers naturals, i la identificació i desenvolupament d’enzims per a aplicacions biotecnològiques en el blanqueig i reciclatge del paper, la producció de biocombustibles, la síntesi de nous compostos a partir de residus, la millora de fibres tèxtils, i el desenvolupament de nous biomaterials basats en la lignocel·lulosa.

Carlos Balsalobre

Cristina Madrid

GENÒMICA I PROTEÒMICA DELS FACTORS DE VIRULÈNCIA BACTERIANS

Joan Tomàs
Susana Merino

Estudis dels principals factors de virulència: lipopolisacàrids, capsules, mecanismes  d'adhesió,  flagells, toxines, sistemes de secreció i mecanismes de captura de ferro en bacteris Gram-negatius. 

Eduard Torrents

- Novel features of bacterial virulence: the enteroaggregative E. coli strain 042 as a model.

- Proteins containing immunoglobulin domains and bacterial plasmids: a novel approach to combat antimicrobial resistance?

- Gene duplications and bacterial virulence

- Biotechnology of lactic acid bacteria: from animal health to a cleaner environment.

L’activitat de recerca es desenvolupa en diversos aspectes directa o indirectament relacionats amb la transmissió d’infeccions a través de l’aigua. La diversitat de formació i experiència dels membres dintre dels diferents àmbits de la Microbiologia, li confereix al grup de recerca un caràcter interdisciplinar. El nostre grup realitza estudis de camp de diferents tipus de mostres ambientals, aigües residuals, rius, fangs de depuradora, aigua de mar, aigües de distribució i de torres de refrigeració, aliments i altres matrius. Els mètodes inclouen sistemes de microbiologia i virologia tradicionals, estudi de bacteriòfags, anàlisi de virus animals i estudis de paràsits per cultiu cel·lular. Té una àmplia experiència en tècniques moleculars aplicades a estudis en Virologia, Bacteriologia i Parasitologia, aquestes metodologies comprenen tècniques d’estudi d’ADN i de proteïnes, microscòpia electrònica, microscòpia de fluorescència o citometria de flux. 

L’activitat de recerca del grup s’estén a l’estudi de diferents microorganismes patògens o indicadors (bacteris, virus i paràsits) en mostres ambientals, aproximacions per garantir la qualitat de les aigües de consum, avaluació dels tractaments de depuració de mostres ambientals així com també valoracions de risc (QMRA). El grup té projectes per a l’estudi de mobilitat de gens relacionats amb virulència en el medi ambient, estudis per traçar la contaminació fecal de les aigües, estudis sobre quorum sensing en bacteris, desenvolupament de microxips per detecció de patògens, anàlisis d’interacció entre microorganismes (bacteri-protozou i virus-bacteri) i mecanismes de regulació genètica de factors de virulència, entre d’altres.

El laboratori de virus contaminants en aigua i aliments centra la seva recerca en el l’estudi de virus humans que poden contaminar l’ambient, aigua i aliments (aigua de beguda, aigua de bany, aigua de riu, aigües residuals, mol·luscs bivalves, vegetals, etc). Els virus estudiats pel grup son principalment els adenovirus i els poliomavirus humans, que han estat proposats pel grup com a indicadors de contaminació fecal, el virus de l’hepatitis A i el virus de l’hepatitis E, considerat un virus emergent. El grup estudia també els norovirus i alguns virus animals com els poliomavirus bovins i els adenovirus porcins que són emprats conjuntament amb els adenovirus i poliomavirus humans com a eines per traçar l’origen de les contaminacions fecals en aigua i/o aliments (Microbial Source Tracking). treballem per la constant innovació en les tècniques que permeten concentrar, quantificar i caracteritzar aquests virus a partir de l’aigua i/o els aliments, així com en l’estudi de la seva patogenicitat i els mecanismes de transmissió d’aquests virus.
El laboratori desenvolupa també eines per estudiar prions en mostres ambientals i mitjançant metagenòmica estudia la presència de nous virus que poden infectar a l’home i animals.