Um dos principais objetivos do TransJus é estabelecer um espaço de pesquisa que, sem substituir pesquisas individuais, permita a interação de disciplinas entre diversos ramos do Direito e Ciências Políticas incluindo outras disciplinas como Psicologia e Economia. Além disso, o objetivo é integrar transversalmente a pesquisa seja em nível internacional ou europeu.

A partir da ênfase dada à pesquisa conjunta, o TransJus busca otimizar o uso dos recursos disponíveis com base na produção intelectual e científica de qualidade, pesquisa altamente internacionalizada bem como interdisciplinar. Assim, a cooperação entre pesquisadores de diferentes áreas – seja do ponto de vista disciplinar quanto de lugares geográficos distintos – é um desafio fundamental nos tempos atuais sendo o TransJus gerador da infraestrutura necessária para essa cooperação.

Atualmente, tem sido importante dar um novo impulso à pesquisa realizada na Faculdade de Direito. O Instituto TransJus, enquanto projeto, não pretende substituir os grupos e as equipes já existentes, porém aprimorar suas interações e integração de seus esforços, assim como facilitar, por meio de infraestrutura administrativa adequada, tanto a obtenção de recursos quanto a gestão da pesquisa. Busca potencializar ainda as sinergias dos pesquisadores filiados e, sobretudo, promover tratamento transversal dos objetos de estudo.

Essa transversalidade é produzida tanto horizontal como verticalmente. A análise horizontal procura aproximar as pesquisas a partir de uma diversidade de perspectivas disciplinares, como, por exemplo, o intuito de superar o tratamento fragmentado dos questionamentos. Isso permitiria uma abordagem mais precisa e apropriada da realidade social que é entendida como condição prévia para propor soluções integrais mais eficazes. Essa noção se revela cada vez mais necessária, uma vez que, como parece ser recorrente também em outros campos do conhecimento, os temas de pesquisa mais interessantes e pioneiros advêm frequentemente das interseções de diferentes ramos do conhecimento.

Ainda sobre a transversalidade horizontal, a elaboração da pesquisa costuma envolver diferentes áreas do conhecimento em única ou diferentes disciplinas. Contudo, implica também a abertura do Instituto para além do curso de Direito como Psicologia e Economia. Ainda nessa perspectiva horizontal, a transversalidade se combina com a tradição da Faculdade, porque nela já se desenvolveram importantes iniciativas no campo da Ciência Política e da Economia. Por fim, a análise vertical que, sobretudo, procura integrar os diferentes níveis de regulação caracterizadores dos sistemas jurídicos contemporâneos pondo especial ênfase no âmbito internacional e europeu.