Les juntes de facultat són l’òrgan de govern col·legiat on es tracten els temes relacionats amb la gestió de cada centre. Les seves funcions principals són elegir el degà o la degana, elaborar els plans d’estudis, organitzar els màsters i doctorats i vetllar per la seguretat, la salut i el medi ambient, entre d’altres. Un 30 % dels seus membres són estudiants.