Els riscos corresponents al treball en atmosfera inerta són aquells derivats de la manipuació de líquids criogènics i de creació de buit a banda dels riscos propis associats a la manipulació de productes químics. Les agulles i les cànules són objectes punxants i presenten el risc corresponent. S'ha de tenir molta cura amb l'obertura i tancament de les claus, donat que passem de situació de buit a situació de sobrepressió. És per això que se recomana que en les primeres manipulacions del material de Schlenk l'alumne sigui tutelat pel professor.