La recerca del Grup d'Ecogenètica i Diversitat Microbianes se centra en els estudis sobre l’ecofisiologia dels tapissos microbians, ecosistemes mínims, diversitat microbiana i biomarcadors lipídics, acumulació i degradació de poli-β-hidroxialcanoats, simbiosis microorganismes-insectes i sobre alguns grups microbians d’especial interès com les espiroquetes en ambients naturals i els bacteris magnetotàctics.