Visualització Molecular per ordinador en Bioloquímica i en Biologia Molecular
Visualització Molecular per ordinador
Preàmbul
Les molècules i especialment les biomolècules complexes com les proteïnes o els àcids nuclèics, són estructures tridimensionals molt grans que resulten difícils de imaginar en les representacions estàtiques de dibuix en paper.
Per a la comprensió i l'estudi de les estructures més simples com monoglícids o aminoàcids, s'ha recorregut clàssicament a l'ús de models moleculars amb boles i varetes de diferents colors que representen enllaços i àtoms.
No obstant, quan es tracta de visualitzar proteïnes o àcids nuclèics i especialment comprendre la relació íntima entre les seves propietats estructurals y la seva funció, es requereixen visualitzacions que aquest tipus de models no poden oferir, entre altres coses degut al seu cost elevat i la dificultat de la seva fabricació.
Els Ordinadors i la Visualització Molecular
L'adveniment de la informàtica i dels ordinadors per a ús majoritari, va permetre fa uns 30 anys el desenvolupament de programes informàtics capaços d'oferir imatges tridimensionals de l'estructura de biomolècules. En un principi es tractava d'ordinadors molt potents per a la seva època, del tipus "Estació de Treball" i que només eren usats per investigadors especialitzats. Amb l'arribada de la microinformàtica, a principis dels anys 80, es va visllumbrar la possibilitat de desenvolupar programes de visualització molecular per a microordinadors, malgrat no va ser fins a mitjans dels anys 90 quan aparegué el primer programa pioner en visualització molecular: RASMOL., que ha continuat amb Chime, protein explorer, Jmol i programes més professionals com Pymol
Bancs on obtenir coordenades de Molècules llegides pels programes de visualització molecular
Algunes de les direccións més usades per obtenir coordenades atòmiques de macromolècules són:
Tutorials docents sobre estructura de Biomolècules
Aquests tutorials son compatibles amb qualsevol navegador i no necessiten cap instal.lació de programes
Molècules d´aigua i ponts d´hidrogen
Estructura i funció de les proteïnes
Estructura i funció dels àcids nucleics
Grup carboxílic, acids grassos, grasses i prostaglandines
Canvis de conformació induïts per efectors al.lostèrics o per fosforilació en els enzims
