La Secció de Botànica i Micologia treballa en diverses línies de recerca encaminades a aprofundir en el coneixement teòric i pràctic dels vegetals i dels fongs.

A la secció s’hi treballa en criptogàmia, essent les principals línies de recerca d’aquesta: la liquenologia, des de la taxonomia morfològica i la documentació florística a la bioindicació i la taxonomia mol·lecular; la micologia i l'algologia d'aigües epicontinentals, amb diferents línies d'aplicació; i la briologia. Pel que fa a l'estudi de les plantes vasculars, al costat de les línies clàssiques de florística i fitosociologia, diferents membres de la Secció treballen en l'ecologia de comunitats vegetals, en biosistemàtica, en el desenvolupament de bases de dades i de programari relatius a l'explotació i gestió de dades de biodiversitat, en la biologia de poblacions vegetals, i en agroecologia.