La Sección de Botánica y Micología trabaja en diversas líneas de investigación encaminadas a profundizar en el conocimiento teórico y práctico de los vegetales y hongos.

En la sección se trabaja en criptogamia, siendo las principales líneas de investigación de esta: la liquenología, desde la taxonomía morfológica y la documentación florística a la bioindicación y la taxonomía molecular; la micología y la algología de aguas epicontinentales, con diferentes líneas de aplicación; y la briología.

En cuanto al estudio de las plantas vasculares, junto a las líneas clásicas de florística y fitosociología, distintos miembros de la Sección trabajan en la ecología de comunidades vegetales, en biosistemática, en el desarrollo de bases de datos y de software relativos a la explotación y gestión de datos de biodiversidad, en la biología de poblaciones vegetales y en agroecología.