Biologia de Sistemes Computacional
| Biologia de Sistemes Computacional |
| 572562 |
| 2024/2025 |
| Marta Ibañes Miguez |
| Departament de Física de la Matèria Condensada |
| 3 |
| S |
| Activitats presencials i/o no presencials | 30 | ||
| - Teoria | Presencial | 2 | |
| - Pràctiques d'ordinadors | Presencial | 28 | La teoria s’anira combinant amb les pràctiques amb ordinador, fent-se conjuntament en les mateixes sessions. |
| Treball tutelat/dirigit | 15 | ||
| Aprenentatge autònom | 30 |
Coneixements bàsics de resolució d’equacions diferencials
- COMPETÈNCIES GENERALS:
CG2 - Ser capaç de consultar la bibliografia científica, bases de dades i analitzar documents cientificotècnics en anglès.
COMPETÈNCIES BÀSIQUES:
CB6 - Posseir i comprendre coneixements que aportin una base o oportunitat de ser originals en el desenvolupament i/o aplicació d’idees, sovint en un context de recerca.
CB7 - Que els estudiants sàpiguen aplicar els coneixements adquirits i la seva capacitat de resolució de problemes en entorns nous o poc coneguts dins de contextos més amplis (o multidisciplinaris) relatius al seu camp d’estudi.
CB9 - Que els estudiants sàpiguen comunicar les seves conclusions i els coneixements i raons últimes que les sustenten a públics especialitzats i no especialitzats d’una manera clara i sense ambigüitats.
CB10 - Que els estudiants posseeixin les habilitats d’aprenentatge que els permetin continuar estudiant d’una manera que haurà de ser en gran manera autodirigida o autònoma.
COMPETÈNCIES TRANVERSALS:
CT1 - Ser autònom, dinàmic i organitzat, amb capacitat analítica i de síntesi, amb capacitat d’anàlisi crítica i amb capacitat de prospectiva.
CT3 - Ser capaç de treballar en equip i d’adaptar-se a equips multidisciplinaris i internacionals a diferents escales.
COMPETÈNCIES ESPECÍFIQUES:
CE6 - Comprendre les diferents escales de temps i longitud en la Naturalesa i els formalismes físico-matemàtics que s’apliquen en cadascuna d’elles.
CE12 - Comprendre les lleis físiques que regeixen el comportament de sistemes fora de l’equilibri: processos metabòlics i transducció de senyals en processos a nivell cel·lular.
CE13 - Donat un material, fenomen físic o químic o sistema complex que es vulgui modelitzar, ser capaç d’avaluar i seleccionar les escales de temps i longitud en les que aquest fenomen té lloc.
CE20 - Ser capaç d’usar els diferents paquets informàtics disponibles que permeten aplicar diferents tècniques de modelització molecular estàndard.
1 Introducció i contextualització de la Biologia de Sistemes computacional.
2 Biologia de Sistemes computacional per l’estudi de la regulació genètica.
3 Biologia de sistemes computacional per l’estudi dels processos de senyalització cel.lular.
4 Biologia de Sistemes computacional per l’estudi del metabolisme.
Classes expositives: En les classes expositives un o més estudiants presenten de forma oral un tema o treball, preparat prèviament, davant de la resta de companys del grup. En ocasions pot resultar interessant una presentació escrita prèvia.
Treball escrit: Activitat consistent en la presentació d’un document escrit.
Activitats d’aplicació: Amb les activitats d’aplicació s’aconsegueix contextualitzar l’aprenentatge teòric a través de la seva aplicació a un fet, succés, situació, dada o fenomen concret, seleccionat per a que faciliti l’aprenentatge.
Pràctiques: Permeten aplicar i configurar, a nivell pràctic, la teoria d’un àmbit de coneixement a un context concret.
Classes magistrals: En les classes magistrals s’exposen els continguts de l’assignatura de forma oral per part d’un professor o professora sense la participació activa de l’ alumnat.
Exercicis pràctics: l’activitat basada en els exercicis pràctics consisteix en la formulació, anàlisi, resolució o debat d’un problema relacionat amb la temàtica de l’assignatura. Aquesta activitat té com objectiu l’aprenentage mitjançant la pràctica de coneixements o habilitats programats.
S’incorporarà la perspectiva de gènere amb l’ús de llenguatge inclusiu, seguint les directrius de la UB d’aquest.
L’avaluació continuada es basa en els conceptes següents:
a) Treballs realitzats per l’alumne (ponderació 70%). Consistiran en informes on es presentaran els càlculs computacionals realitzats i l’anàlisi d’aquests.
b) Proves escrites (una o més, amb ponderació conjunta del 30%).
Els alumnes que hagin estat qualificats amb una nota mínima de 3,5 poden ser reavaluats. La reavaluació consisteix en l’entrega un únic dia de treballs computacionals, consistents en informes crítics on es mostrin i s’evaluin els resultats computacionals obtinguts i en un examen oral. La reavaluació es fa en les dates que determini el Consell d’Estudis. La nota final és la més favorable de les dues, la de l’avaluació única o la de la reavaluació. L’estudiant que, havent superat l’assignatura, vulgui millorar la nota a la reavaluació, ha de renunciar a la qualificació mitjançant un escrit presentat al professor amb còpia a la Secretaria del centre.
Atès el caràcter eminentment pràctic de l’assignatura, no es preveu la possibilitat d’avaluació única.
Alon, Uri .An Introduction to systems biology : design principles of biological circuits. Boca Raton [etc.] : Chapman & Hall/CRC, 2020
Bolouri, Hamid. Computational modeling of gene regulatory networks : a primer. London : Imperial College Press, 2008
Cornish-Bowden, Athel. Fundamentals of enzyme kinetics. 4th ed. Wiley-Blackwell, Weinheim, 2012
Fell, David. Understanding the control of metabolism. Portland Press, London, 1997
Klipp, E. [et al.]. Systems biology : a textbook. 2nd ed. rev. and enlarg. Weinheim : Wiley-VCH, 2016
1a ed.