Análisis Sintagmático
Los receptores nucleares reconocen palabras concretas del DNA. Estas secuencias siguen el consenso general (sobre el que pueden haber variaciones):
RGGTCA
R indica una purina (es decir, A o G)
Recordemos que el DNA está formado por una doble cadena y que los nucleótidos se reconocen uno a uno. Así, estrictamente, la palabra sería:
RGGTCA
YCCAGT
Y indica una pirimidina (es decir, T o C)
Pareados
En la mayoría de ocasiones, estas palabras no se presentan aisladas, sino que se escriben en parejas, separadas por un número variable de otros nucleótidos (representados como X, la incógnita universal). Se forman así, los “sintagmas hormonales”, o, más propiamente, los elementos de respuesta a hormonas (HRE).
RGGTCAxxxRGGTCA
YCCAGTxxxYCCAGT
Invertidas
Pero, además, las palabras pueden reconocerse también si están invertidas. De esta manera, podemos encontrarnos dos palabras escritas en el mismo sentido (como en el caso anterior) o en sentido inverso:
RGGTCAxxxTGACCY
YCCAGTxxxACTGGR
Como se puede preveer, la naturaleza de los elementos de respuesta a hormona, determina qué receptores los reconocen y si se unen de manera individual o en parejas (la mayoría de las veces).
Alfabetismo nuclear
Cada receptor nuclear reconoce elementos concretos. Esta especificidad se logra a través de diferencias:
- En la secuencia de las palabras (¿qué letras las forman?)
- En la distancia entre las palabras (¿cuántos nucleótidos hay entre ellas?)
- En el sentido de las palabras repetidas (¿se leen en el mismo sentido o están invertidas?)
Veamos algunos ejemplos de esta especificidad.
Los receptores esteroideos reconocen palabras repetidas invertidas (IR, de inverted repeats) separadas por tres nucleótidos. Es decir, elementos IR3. A nivel de secuencia, GR reconoce AGAACA mientras que ER reconoce AGGTCA.
Los receptores que actúan en pareja con el RXR receonocen la palabra AGGTCA repetida en el mismo sentido; lo que se conoce como repetición directa (DR, de direct repeat). Estas palabras pueden estar separadas entre 1 y 5 nucleótidos (de DR1 a DR5). Y, en este caso, es esta separación la que determina qué receptor, en pareja con RXR, reconocerá ese elemento.
Algunos receptores se unen al DNA ellos solos (como monómeros). Es el caso, por ejemplo, de NGFI-B o ROR.
Imágenes: Protein Data Bank
