El sistema endocrino también se beneficia si se mantiene una buena higiene del sueño, es decir, si dormimos bien, lo que repercute en todas las funciones corporales. Durante el día, una de las neurohormonas que permiten mantener un buen estado de ánimo es la serotonina. Por la noche la que predomina es la melatonina, pero para mantener un buen equilibrio homeostático tienen que ir intercalándose: de día, serotonina, y de noche, melatonina. Estas oscilaciones hormonales hacen que disminuya la producción de otra hormona, el cortisol, que se relaciona con el estrés. Dormir bien, por lo tanto, mejora el estado de ánimo, favorece un funcionamiento psicológico adecuado y reduce el estrés.

El sueño se correlaciona también con cambios en la organización y la estructura cerebral. Mientras dormimos el cerebro se mantiene muy activo, pero el hecho de que no lo estemos usando de manera consciente para ninguna tarea concreta permite que utilice toda la energía disponible para eliminar las substancias de desecho que ha ido acumulando durante el estado de vigilia como producto natural de su actividad metabólica y que pueda reparar la integridad neuronal. Además se remodelan las conexiones sinápticas entre las neuronas, que son la base de la memoria y del aprendizaje. Dicho de otro modo, mientras dormimos se consolida todo lo que hemos aprendido durante la vigilia; ello libera la memoria a corto plazo, y el cerebro lo aprovecha para crear relaciones con otras experiencias anteriores. Se considera que los sueños son un reflejo de esta actividad, durante la cual el cerebro va relacionando experiencias diversas. Por este motivo, en un sueño se combinan muchos elementos diferentes que, aparentemente, están desconectados entre si. Todos estos factores, combinados con el mantenimiento de unas funciones psicológicas adecuadas, la potenciación de un buen estado de ánimo y la disminución del estrés, también favorecen y potencian la capacidad de concentración, atención y reflexión.