El aumento de potencialidad que el Proyecto Genoma Humano proporciona a la ingeniería genética es directamente proporcional al aumento de las problemáticas que puede comportar. Ese poder que el PGH otorga a las biotecnologías queda patente en unas palabras de Watson (1990) que J.G.F. recoge en su artículo: "Nunca se encontrará un conjunto de libros de instrucción más importante. Cuando sean finalmente interpretados, los mensajes genéticos codificados dentro de nuestro ADN nos proporcionarán las últimas respuestas a los cimientos químicos de la existencia humana. No solamente nos ayudarán a comprender cómo funcionamos como seres sanos, sino que también nos explicarán a nivel químico, el papel de los factores genéticos en una multitud de enfermedades -como el cáncer, la enfermedad de Alzheimer y la esquizofrenia- que disminuyen la calidad de vida individual de millones de personas". [Ibid., p. 238.]

De esta manera, se prevee que la Medicina pueda pasar de ser paliativa a ser preventiva y predictiva. Pero la detección de genes que pueden comportar una enfermedad en el futuro en cualquier individuo, aún antes de padecer los síntomas, no comporta el conocimiento de una terapia para su curación. Así, ¿que beneficios acarrea para una persona sana saber que es portador de un gen que en un futuro incierto le causará una enfermedad que acabará con su vida cuando no hay remedios para su tratamiento?. Esa información también pueden ser susceptible de provocar la estigmatización social o laboral hacia los portadores de ciertos genes.

Otra fuente de conflictos proviene de la posibilidad de conceder patentes sobre los genes secuenciados a las empresas privadas que han colaborado en el PGH. A esta reivindicación se le enfrenta la de aquellos que defienden que el cuerpo humano no puede ser sometido a prácticas comerciales o la de los científicos que consideran a los genes como patrimonio de la naturaleza humana.

Tampoco está claro hasta que punto beneficiará o será perjudicial para el individuo la utilización de la identificación genética (huella genética): "[...] nos acarrea ventajas e inconvenientes: disponer de sistema fiables de identificación es una garantía para el individuo y para el Estado. Pero al mismo tiempo ocasiona temor a cómo serán usados esos datos, por los poderes públicos y otros ciudadanos". [María Casado, "La bioética ante las nuevas tecnologías genéticas", en Los retos de la genética en el siglo XXI: genética y bioética, p. 19.]

Las posibilidades que ofrecerá el diagnóstico prenatal no quedan fuera de la polémica; a través de él se podrá elegir el sexo del hijo o practicar una eugenesia positiva, es decir, poder elegir los embriones con características genéticas consideradas favorables (lo que se ha venido en llamar "el niño a la carta").