Al ser un tratado intergubernamental no elaborado en marco de la UE, el Convenio Schengen pudo negociarse de forma secreta, sin ningún control parlamentario ni judicial, y resulta de difícil control por parte de los parlamentos de cada uno de los países. Sin embargo, la incorporación al Tratado de la Unión de los aspectos básicos del Acuerdos de Schengen (Tratado de Amsterdam de 1997 y acuerdos de Tampere de 1999) supone una pequeña mejora porque permite un mayor control parlamentario y judicial de su aplicación. Además, se han comunitarizado los temas de la inmigración y el asilo, abriendo la posibilidad de disponer, en pocos años, de normativa de inmigración y de asilo a escala europea.

Al efecto más conocido y afirmativo de la entrada en vigor del Convenio -la eliminación de los controles fronterizos entre los estados firmantes- se deben sumar otros de carácter restrictivo y/o prohibitivo (Pajares, 1999:254) :

-La delimitación de los derechos de los extracomunitarios que residen en países europeos, que quedan diferenciados de los "ciudadanos europeos"

-El establecimiento de una lista unificada de personas indeseables compuestas tanto de delincuentes, como de inmigrantes y solicitantes de asilo -a los que se les prohíbe la entrada en el espacio Schengen- conlleva efectos perniciosos:

· -El más grave es incluir en un mismo grupo a delincuentes e inmigrantes, considerándolos por principio un problema de orden público.

· -Puesto que el concepto de orden público de los Estados miembros de Schengen a pasado a ser la suma de conceptos nacionales de orden público de cada uno de ellos , supone que el rechazo de una persona por dichos motivos en un Estado, implique el rechazo en todos, aunque la persona haya sido rechazada por algo que en los otros países no sea considerado ni delito ni problema de orden público.

· -Además, a un inmigrante o un solicitante de asilo, el mero hecho de que se le haya denegado una solicitud de asilo en un país le basta para que pueda ser incluido en esa lista a través del SIS (Sistema de información Schengen) y le impide realizar trámites de inmigración o asilo en cualquier otro. Según Pajares (1999:254): "Cuando la policía española encuentra un nombre en el fichero SIS deniega la solicitud que esté haciendo la persona afectada; normalmente ni siquiera indaga los motivos por los que otro país puso a esa persona en el fichero...".

- Munté considera que el SIS supone aumentar el carácter policial de los Estados, fragilizándose la democracia y la ciudadanía y que aunque actualmente el control se centre más en los extranjeros, puede extenderse a cualquier grupo social con la consiguiente limitación de los derechos y libertades.