La Asociación, fundada el 1 de octubre de 1870 por iniciativa de Fernando de Castro, contribuyó a la educación de la mujer de forma muy extensa. Se inaguraron escuelas que proporcionaban una formación profesional: la Escuela de Comercio para Señoras, la Escuela de Correos y Telégrafos, la Escuela de Institutrices, etc. Intentó llegar a un público cada vez más extenso mediante las conferencias dominicales para todo tipo de mujeres. Las sesiones de lectura y de música, en las que tomaban parte las alumnas y las recién tituladas institutrices, se alternaban con las conferencias. También se crearon escuelas primarias y secundarias.

En 1882 se lanzó la publicación quincenal Instrucción para la Mujer. Ese mismo año, las estudiantes crearon las Asociación de Institutrices y Profesoras de Comercio con el fin de defender la causa de la educación de la mujer y continuar la actividad intelectual de las escuelas.

Las escuelas de la AEM ofrecían una educación mucho más interesante y amplia que la proporcionada por las escuelas oficiales; se concedía menos importancia a las asignaturas domésticas y mucha más a una gama más amplia de cursos científicos y de artes liberales. Los requisitos para el ingreso no eran demasiado severos, pero al final de siglo se exigía el título de maestra superior o pasar un examen de aptitud. Los cursos solían congregar a unas ochenta o cien alumnas al año.

La AEM ofrecía a las muchachas jóvenes la mejor educación a la que podían aspirar en la España del siglo XIX. Los cursos los impartían algunos de los hombres más progresistas de la época: profesores de la universidad y de la ILE daban las clases por un sueldo mínimo o incluso nulo. La Asociación fue un instrumento para elevar el nivel de educación de las mujeres no sólo a través de sus propias escuelas sino también a través de la influencia más amplia que ejercía tanto en el sector público como en el privado.