L'une des causes de mortalité des aigles de Bonelli sur lesquelles nous disposons de peu d'information est la noyade dans des réservoirs d'eau destinés à l'irrigation ou la prévention des incendies. Jusqu'à présent nous ne connaissions que très peu de cas et il n'est pas facile de trouver de cadavres d'animaux noyés. Mais, le fait qu'actuellement un grand nombre d'aigles soit équipé d'émetteurs, facilite la récupération d'animaux morts et donc, permet de disposer d'un bien meilleur échantillon des causes de mortalité des aigles. Au cours de ces dernières années, nous avons eu la preuve que certains types de réservoirs d'eau pouvaient devenir des pièges mortels pour les aigles. Le cas connu le plus préoccupant est celui des partenaires adultes d'un couple, donc du même territoire, qui sont morts, ensemble, dans le même réservoir destiné à l'irrigation.

L'Aigle de Bonelli utilise des cours d'eau et des retenues d'eau pour capturer certaines proies comme les oiseaux aquatiques. De plus, il aime également prendre régulièrement des bains. Beaucoup de réservoirs d'eau pour l'irrigation ou la prévention d'incendies sont très profonds et ne disposent d'aucun élément facilitant l'entrée ou la sortie des animaux. Dans ce type de réservoirs, il est avéré que meurent, en plus des aigles de Bonelli, beaucoup d'autres rapaces, mais aussi des amphibiens et des mammifères. Il serait donc important d'ajouter des mécanismes qui permettent aux animaux de sortir des réservoirs, sans affecter leur fonctionnalité. Les réservoirs, situés dans les territoires d'aigles de Bonelli ou les zones de dispersion des jeunes, devraient être aménagés en priorité.