Quatre grans temes del pensament d'Heràclit:

En primer lloc, la guerra (Polemos) és el pare de totes les coses; el naixement i la conservació dels éssers es deuen a un conflicte de contraris que s'oposen i es mantenen mútuament. Desitjar, amb Homer, veure "apagar-se la discòrdia entre els déus i els homes" és demanar la destrucció de l'univers. Aquest conflicte fecund és alhora harmonia, no en el sentit d'una relació numèrica simple, com per als pitagòrics, sinó en el sentit d'un ajustament de forces que actuen en sentit oposat, com les que mantenen tibada la corda d'un arc.

El segon tema heraclitià és la unitat de totes les coses; és la veritat per excel·lència, de la qual el vulgar, incapaç de parar esment en les coses amb les quals es troba, no s'adona; és l'or que només es troba removent molta terra i que a la natura li agrada amagar... Què és, doncs, aquesta unitat? És la unitat de la substància primordial, com entre els milesis? En un sentit, sí: la substància primordial és el foc, en el qual poden convertir-se totes les coses, com tota mercaderia s'intercanvia contra l'or... Però el foc ja no és un d'aquest grans medis físics... es tracta més aviat d'una força activa incessant, d'un foc "sempre viu".

El tercer tema heraclitià és el de l'escolament perpetu de les coses. "No pots ficar-te dues vegades en el mateix riu; perquè per sobre teu s'escolen sempre noves aigües." L'ésser és inseparable d'aquest moviment continu...

El quart tema consisteix en una mena de visió irònica dels contrastos, un capgirament que ens revela en les coses l'oposat del que hi vèiem d'antuvi. Pels porcs, el fang val més que l'aigua neta, i pels ases la palla és superior a l'or...

Tots els contrastos d'aquesta doctrina es retroben en un contrast únic: el permanent –és a dir l'U– i el que canvia no s'exclouen l'un a l'altre; ans al contrari, l'U i el permanent es retroben en el canvi mateix, en la discòrdia; això sí, en un canvi mesurat i en una discòrdia reglada. Heràclit va tenir la intuïció que la saviesa consisteix a descobrir la fórmula general, el logos, d'aquest canvi.