Estudió en la Escuela de Comercio de la Asociación para la Enseñanza de la Mujer, donde entró en relación con la Institución Libre de Enseñanza. Fue una de las primeras mujeres que entró en la Universidad, estudiando Filosofía y Letras, y conoció a Ramón Menéndez Pidal, con el que se casó en 1900, dedicando su viaje de novios a recorrer la ruta del Cid recopilando romances. Entre sus obras destacan Romances que debían buscarse en la tradición oral (1907), Para el romancero de Lope de Vega (1944) y Los romances de Gazul (1953), que le reportaron prestigio internacional. Defensora del derecho de las mujeres a la misma educación de la que disfrutaba el hombre, María Goyri fue profesora de lengua en el Instituto-Escuela, desde su fundación en 1918 hasta su clausura en 1936. Su hija Jimena Menéndez-Pidal continuó su labor en favor de la coeducación durante el franquismo.