Los trabajos preparatorios del tratado plantearon los conflictos entre partidarios y detractores de la ampliación y desarrollo de los derechos de ciudadanía ya incluidos en el Tratado de la Unión Europea y del desarrollo de nuevos derechos. La Comisión, el Parlamento y un Grupo de Reflexión ad hoc impulsado por el Consejo realizaron propuestas en materia de Derechos Humanos, de medidas antidiscriminatorias en razón del sexo o la raza, en políticas de fomento del empleo, protección del medio ambiente, democratización institucional, ampliación del derecho de sufragio a otros niveles electorales, ampliación de los derechos civiles y desarrollo de algunos derechos sociales, los llamados "servicios universales o servicios de interés general". Sin embargo el Tratado de Amsterdam en materia de derechos de ciudadanía no supuso ningún avance respecto al Tratado de Maastricht. Ninguno de los nuevos derechos planteados por las distintas instancias fueron finalmente reconocidos, y al igual que en el Tratado anterior éste estableció que las disposiciones que concretan el desarrollo de los derechos reconocidos en el Tratado requieren a aprobación por unanimidad de los miembros del consejo con lo que su aprobación seguirá confrontada a las mismas dificultades anteriores.

No obstante el Tratado de Amsterdam asumió el principio de no discriminación por razón de sexo, raza o etnia, religión, edad, orientación sexual o discapacidad y el principio de no discriminación salarial por razón de sexo. Así mismo, reconoce como principio de la Unión al mismo título que la Libertad, la Democracia y el Estado de Derecho, el respeto a los Derechos Fundamentales convirtiendo al Tribunal de Justicia Europeo en garante de los mismos.