La recerca en taxonomia és fonamental per a qualsevol estudi en biologia. La importància d'aquesta línia de recerca és més gran en l'actualitat degut a l'escàs nombre (crític en molts grups) de taxònoms d'invertebrats actius al món marins. Aquesta recerca és associada als treballs de faunística, majoritàriament (però no exclusivament) fets a la zona mediterrània occidental. L'establiment del catàleg d'espècies presents a la nostra zona de treball es una tasca necessària i prèvia als estudis dels sistemes bentònics. En particular, els estudis relacionats amb la conservació (canvis en la composició específica, introduccions…) requereixen un bon coneixement de les espècies autòctones.

Avui dia, la recerca en taxonomia ha de combinar les eines tradicionals (morfologia, desenvolupament…) amb la informació que aporten els marcadors genètics. L'aplicació d'eines moleculars està demostrant la prevalència d'espècies críptiques en molts grups d'invertebrats bentònics.

El nostre grup té especialistes reconeguts en taxonomia d'ascidis, mol.luscs, equinoderms i grups meiofaunals (nematodes en particular).