Mi principal interés en investigación se centra en el papel directo e indirecto que desempeñan las interacciones bióticas (herbivorismo y depredación) en ecosistemas bentónicos dominados por productores primarios (macroalgas, angiospermas marinas y corales). Muchos de estos ecosistemas son altamente susceptibles al control por herbívoros (o depredación), que a menudo causa la deriva del sistema hacia estados alternativos.

Más recientemente, me he interesado también por el papel del paisaje marino y el comportamiento de los herbívoros y depredadores en este control, con especial atención a los megaherbívoros (dugongos y tortugas). Todas estas cuestiones se enmarcan en un contexto más general en el cual intento entender y predecir la resiliencia (resistencia y recuperación) de los ecosistemas marinos bentónicos frente al cambio global (aumento de temperatura, sobrepesca, llegada especies invasoras y eutrofización), con especial atención a los posibles mecanismos de retroalimentación, si existen. He dedicado, como parte de estos intereses generales, un cierto esfuerzo al mantenimiento de series temporales durante las últimas dos décadas, complementadas con trabajo de campo donde analizamos gradientes, experimentos manipulativos in situ y en el laboratorio y la modelización de algunos los procesos, como ayuda a predecir la dinámica de los sistemas.

Finalmente, y fruto sobre todo de los proyectos que estoy desarrollando en la India, he ido añadiendo una dimensión socioecológica a mi investigación, en particular centrado en los distintos roles de las instituciones en el control de los recursos pesqueros. Todas las líneas de investigación se desarrollan principalmente en dos áreas geográficas: el Mediterráneo y las islas Lacadivas y Andamán (Océano Índico) y en tres ecosistemas: ecosistemas dominados por macroalgas, praderas marinas y arrecifes de coral.