L'Aigle de Bonelli, s'il peut, théoriquement, capturer un très large éventail de proies, s'alimente, pratiquement, d'un groupe restreint de vertébrés, tels des mammifères, des oiseaux et des reptiles.

Ses proies principales sont le lapin, l'écureuil, les perdrix, les tourterelles turques, les pigeons domestiques, les corvidés, les lézards, etc. Cependant son régime alimentaire varie beaucoup selon les zones géographiques, les habitats et la présence de l'une ou l'autre des proies. On trouve aussi parmi ses proies des rats, de petits oiseaux, des rapaces comme les autours, les buses, les grands-ducs ou de jeunes renards.

Les proies optimales des aigles sont le lapin, et secondairement, la perdrix, car elles ont le meilleur rendement énergétique : la plus grande quantité de nourriture pour un faible effort de capture.

Quand ces proies optimales sont peu abondantes, les aigles ont l'habitude de capturer des pigeons domestiques, des tourterelles turques ou des proies plus petites comme des corvidés, des écureuils ou des lézards. Ce qui suppose un moins bon rendement énergétique, car ils doivent effectuer un plus grand nombre de déplacements pour capturer davantage de proies qui, de plus, leur fournissent un apport nutritif moindre qu'une proie optimale.

Le régime alimentaire de la population catalane

En Catalogne, comme dans le reste de l'Europe où vit l'Aigle de Bonelli, le lapin est généralement la proie la plus capturée car il possède tous les critères requis pour être une proie optimale : il vit dans des milieux ouverts où il est facile à capturer, il est d'un apport nutritif élevé et peut être abondant, si les habitats lui conviennent.

Dans une étude réalisée sur des couples de Catalogne au début des années 90, le lapin seul représentait 25 % du régime alimentaire de l'aigle, mais ses populations ont diminué de façon alarmante ces dernières années. Les autres proies importantes étaient le Pigeon domestique (20 %), l'écureuil (12 %), la Perdrix rouge (11 %), la Tourterelle turque (9 %) et le lézard (9 %).

Le type de proies capturées varie également en fonction de la saison et du type d'habitat présent dans les différentes zones de la Catalogne. Les couples d'aigles proches de décharges où se regroupent des goélands leucophées, en capturent un grand nombre.

Le régime alimentaire comme indicateur de l'état des écosystèmes 

De la même manière que l'environnement conditionne le type et l'abondance des proies disponibles pour les aigles, leur régime alimentaire est un bon indicateur de l'état de conservation de cet environnement.

Ces dernières années, la diminution des populations de lapin et de Perdrix rouge a fait que le régime alimentaire des aigles de Bonelli s'est modifié, en incorporant des proies moins rentables comme le pigeon domestique, l'écureuil ou les corvidés.

Ce changement correspond aux modifications dont souffrent ses domaines vitaux, généralement la reforestation comme conséquence de l'abandon des cultures, ce qui contribue à la disparition des proies optimales, conjointement à la surexploitation cynégétique ou les épidémies (ces dernières dont dues, dans de nombreux cas, au gibier de repeuplement, porteur de maladies).

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